ФРТУ здійснює контроль за процесом розподілу державних коштів з компенсації пільгових перевезень автомобільним транспортом.

У січні 2013 року Федерація звернулася до Прем’єр-міністра України М.Я.Азарова з проханням зобов’язати керівників обласних державних адміністрацій здійснити справедливий розподіл виділених Державним бюджетом 2013 року коштів для компенсації пільгових перевезень пасажирів автомобільним транспортом.
На підставі доручення п. Азарова, облдержадміністрації надали Федерації інформацію щодо розподілу цих коштів. Вона була узагальнена і доведена до членів Правління та керівників членських організацій листом від 15.05.2013 за №4-139/13.